De school is begin jaren tachtig ontstaan vanuit een initiatief binnen de Zeister Vrije School. De toenmalige remedial teacher en een aantal leerkrachten merkten dat binnen de Vrije Scholen voor basisonderwijs steeds meer kinderen zich in de gewone klassensituatie niet voldoende ontwikkelden. Het idee Tobiasonderwijs was geboren. Tegelijkertijd ontstonden dergelijke initiatieven ook in Amsterdam en Den Haag. Nu nog zijn dit de steden waar een Tobiasschool te vinden is.

De Zeister initiatiefgroep startte op 6 september 1982 in een villa in het Burgemeesterkwartier een voor deze regio nieuwe vorm van onderwijs voor deze specifieke doelgroep. Het uitgangspunt was: vrijeschool onderwijs bieden aan leerlingen met een extra zorgvraag. In deze villa woonden op de zolderverdieping de leraren.

De lessen werden gegeven in de grootste kamers. Voor de vele praktijklessen die op het rooster stonden werden aparte ruimten ingericht.

Gedurende de eerste twee jaren werd de school niet door de overheid gesubsidieerd. In augustus ‘85 kreeg de school door de gemeente het huidige schoolgebouw aan de Prof. Lorentzlaan aangeboden. De school groeide langzaam maar gestaag tot zijn tegenwoordige grootte, d.w.z. 55 leerlingen voor het SBO Tobiasschool. Ook huisvest het gebouw een vrijeschool voor voortgezet onderwijs genaamd de Tobiasstroom (VMBO LWOO) met 63 leerlingen.

De Tobiasschool is sinds 1 augustus 2011 onderdeel van de Stichting Scholengemeenschap voor Vrijeschool onderwijs te Nijmegen.